厦门大学附属中山医院消化内科是首批国家临床重点专科、国家消化系统疾病临床医学研究中心福建省分中心、首批福建省临床重点专科、福建省肠道微生态与消化系统疾病防治临床医学研究中心、厦门市医学领先学科、厦门市拔尖重点专科，也是厦门大学医学院消化病学系、厦门大学消化疾病研究所、厦门市消化疾病诊治中心挂靠学科，作为中华医学会消化内镜培训中心厦门培训基地、中国ERCP技术标准化人才培养项目培训基地、中国医师协会消化内镜医师培训基地、中国消化内镜中心认证示范单位、中国炎症性肠病(IBD)区域诊疗中心、“幽门螺杆菌规范化诊治门诊”全国级示范中心、海峡两岸医药卫生交流协会消化内镜培训基地、海峡两岸消化疑难病会诊基地、海峡两岸消化系肿瘤早期诊断和治疗基地、厦门市消化内科专业质控中心、厦门市慢性胃肠病分级诊疗专病防治中心、海峡两岸医药卫生交流协会消化病学分会挂靠单位、厦门市李兆申院士名医工作室挂靠单位，拥有厦门市肠道微生态与健康重点实验室、厦门大学医学院微生态研究院等平台

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