厦门大学附属中山医院消化内科是国家临床重点专科（全国首批，2010年）、国家消化系统疾病临床医学研究中心福建省分中心（2024年）、福建省临床重点专科（2012年）、福建省肠道微生态与消化系统疾病防治临床医学研究中心（2023年）、厦门市医学领先学科（2015年）、厦门市拔尖重点专科（2021年），也是厦门大学消化疾病研究所（2007年）、厦门大学医学院消化病学系（2020年）、厦门市消化疾病诊治中心（2006年）、厦门市消化疾病研究所（1999年）、厦门市消化内科专业质量控制中心（2019年）、厦门市慢性胃肠病专病防治中心（2016年）挂靠学科，作为中华医学会消化内镜培训中心厦门培训基地（2008年）、中国医师协会消化内镜医师培训基地（2016年）、中国消化内镜中心认证示范单位（2020年）、中国ERCP技术标准化人才培养项目培训基地（2017年）、中国炎症性肠病(IBD)区域诊疗中心（2019年）、“幽门螺杆菌规范化诊治门诊”全国级示范中心（2022年）、海峡两岸医药卫生交流协会消化内镜培训基地（2020年）、海峡两岸消化疑难病会诊基地（2008年）、海峡两岸消化系肿瘤早期诊断和治疗基地（2013年）、海峡两岸医药卫生交流协会消化病学分会挂靠单位（2013年）挂靠单位，拥有厦门市肠道微生态与健康重点实验室（2015年）、厦门大学医学院微生态研究院（2017年）和国家临床医学研究中心（西京、长海、友谊）核心协作中心等平台。

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