厦门大学附属中山医院眼科已成为一个集医疗、教学、科研和防盲治盲为一体的科室，现科室设有白内障、玻璃体视网膜、眼视光、青光眼，小儿斜弱视、泪道疾病及眼眶眼表眼整形等亚专业组，各专业组学科带头人均在国内知名眼科进修学习。同时科室配备有各种先进的眼科专业检查设备，如海德堡光学相干断层扫描仪、OCTA及血管造影检查仪、蔡司眼底激光及眼前段激光治疗仪、蔡司最新一代Humphrey视野分析仪、 干眼综合分析及角膜地形图检查仪等一系列眼科检查治疗设备;同时配备新一代蔡司显微镜、RESET广角镜及眼底激光、爱尔康超声乳化仪、爱尔康玻璃体切割超声乳化一体机等高端眼科手术设备；科室长期开展微小切口白内障超声乳化联合折叠人工晶体植入术、玻璃体视网膜手术、严重眼外伤抢救、眼前后段重建术、角膜缘干细胞移植术、斜视矫正术、抗青光眼手术、眼眶眼整形等眼科高精尖手术。

在保持医疗优势的同时，眼科常年承担厦门大学医学院眼科学的带教工作；在科研方面，科室承担福建省及厦门市自然科学基金等多个科研项目，参与多项国家自然科学基金项目；参与专家共识的制定及国内外重要期刊发表论文多篇。